how come「どうして」は why に似た意味を持ちますが，why と違って how come の後ろは平叙文語順を続けます。
Why are you leaving so early?「どうしてそんなに早く行くの」（もっと居たらいいのに）
=How come you are leaving so early?
です。並び替え問題では注意ですね。
ではなぜ How come のあとは平叙文語順で良いのでしょう？ それは，
How (did it) come (about) (that) S V...?
のような表現から出来たからですね（疑問文語順だった did it がなくなってしまった）。上の it は形式主語であり that S V を指しています。
「that S V... ということが，どうやって come (about) したか」つまり「起こったか」と言っているのです。
この come about は「起こる」という意味の熟語です。about（や around）には〈周辺〉の意味があり，come about は「その辺に来る」＝「起こる」というわけです。
そしてこれを他動詞にしたものが，もっと有名な bring about です。「その辺に持ってくる」から「引き起こす」なわけです。他動詞なので bring about O, bring O about のように目的語を取ります。
（追記１）
なお bring「持ってくる」の意味に関連して，以下のブログを書きました。
（追記２）
