how comeは「どうして」とwhyに似た意味を持ちますが，whyと違ってhow comeの後ろは平叙文語順を続けます。
Why are you leaving so early?「どうしてそんなに早く行くの」（もっと居たらいいのに）
=How come you are leaving so early?
です。並び替え問題では注意ですね。
ではなぜ，How comeのあとは平叙文語順で良いのでしょう？
それは，
How (did it) come (about) (that) S V...?
のような表現から出来たからですね（疑問文語順だったdid itが省略された）。上のitは形式主語で，that S Vを指しています。
「that S V... ということが，どうやってcome (about)したか」つまり「起こったか」と言っているのです。
このcome aboutは「起こる」という意味の熟語です。about (やaround) には〈周辺〉の意味があり，come aboutは「その辺にやって来る」＝「起こる」というわけです。
そしてこれを他動詞にしたものが，もっと有名なbring aboutです。「その辺に持ってくる」から「引き起こす」なわけです。他動詞なのでbring about O，bring O aboutのように目的語を取ります。
（追記１）
なお，bring「持ってくる」の意味に関連して，以下のブログを書きました。
bring=「持って行く」，take=「連れて行く」は正しいか？ - フレイニャのブログ
（追記２）
bring about O，bring O aboutの語順に関連して，以下のブログを書きました。
give it upとlook for itのitの位置（附．知覚動詞とsee my friend off） - フレイニャのブログ
